你好，首先祝贺你妹妹病情好转。针对你提出的问题，短时间内多次进行腰椎穿刺操作，在医学上是安全的，通常不会对大脑造成直接的物理损伤或功能损害。
腰椎穿刺是诊断和监测神经系统疾病的重要手段。从医学角度来看，人体有生理机制来维持脑脊液的动态平衡。单次抽取少量脑脊液，通常在几小时内就会被身体重新合成，不会引起颅内压的剧烈波动或导致脑组织移位。抽取三管脑脊液通常也是为了获取足够量的样本进行更全面的检查（如病毒核酸检测、生化分析等），以确保诊断的准确性。
需要注意的是，虽然操作本身安全，但必须由经验丰富的医生进行，并严格无菌操作，以防止感染风险。目前的治疗方案要求复查腰穿，是为了评估炎症指标是否完全转阴，这是判断是否可以出院的关键指标。请遵医嘱，不必过度担心。