本病常引起严重的并发症，如一旦发现，即应手术治疗。重复畸形常与消化道有共同的肌层及同一来源的血液供应，不易分离，一般需切除畸形及局部胃或肠壁，再做吻合术。肠系膜囊肿与消化道不相连，可做单纯囊肿切除术。胸腔内也常为孤立性囊肿，行摘除手术。如向食管、气管、支气管穿破，须连同受累组织切除，然后进行修补。胸腔内管状畸形经膈肌进入腹腔分期手术切除。