卵巢冠囊肿其组织发生可来源于中肾管、副中肾管及间皮组织。中肾管组织在女性胚胎发育至55mm后开始退化，其退化过程可延续整个胚胎期。它可完全退化消失，也可断续残留或局部残留，以后发生囊肿。至于副中肾管是当胚胎发育至10mm时，在左右中肾管头端外侧发生的管道，以后跨过中肾管而融合并发育成女性生殖器。