肝内胆管结石是指左右肝管汇合部以上各分枝胆管内的结石.可以单独存在，也可以与肝外胆管结石并存.该病多见于远东及东南亚地区，包括中国，日本，朝鲜，菲律宾，泰国，印度尼西亚和马来西亚等国家.在我国沿海地区，西南地区及香港，台湾等地区发病率较高.其发病原因与胆道的细菌感染，寄生虫感染及胆汁滞留有关.感染导致结石形成的首要因素，感染的原因常见的是胆道寄生虫感染和复发性胆管炎，差不多所有的肝内胆管结石病病人的胆汁培养均可检出细菌；感染细菌主要是来源于肠道，常见的细菌是大肠杆菌及厌氧菌.大肠菌属和一些厌氧菌感染时产生的B-葡萄糖醛酸苷酶和在胆道感染时产生内生性葡萄糖醛酸苷酶，能使结合型胆红素水解生成游离胆红素而沉着.胆汁滞留是肝内胆管结石形成必要条件，只有在胆汁滞留的条件下，胆汁中的成分才能沉积并形成结石.引起胆汁滞留有胆道炎性狭窄和胆道畸形；在梗阻的远端胆管内压力升高，胆管扩张，胆流缓慢，有利于结石的形成.此外，胆汁中的粘蛋白，酸性粘多糖，免疫球蛋白等大分子物质，炎性渗出物，脱落的上皮细胞，细菌，寄生虫，胆汁中的金属离子等，均参与结石的形成.