三叉神经系统中枢部的脑内核团受到刺激会受到伤害，以及三叉神经脊束核丘脑及大脑皮质均可因周围病变刺激及中枢本身的伤害性刺激会导致三叉神经痛疾病发作，这是一种中枢病因学说。大脑皮质是周身感觉的最高中枢，如果三叉神经系统任何部位的病灶所致的疼痛，都是会通过大脑皮质反映出来的，就像是疱疹和单纯疱疹的病毒感染都有可能会沿三叉神经系统的通路而侵入三叉神经分布相应的大脑皮质，最终会使三叉神经痛发作。
关于三叉神经痛的发病原因，有一种周围病原学说是最常见的，就是指三叉神经末梢到脑干核团的任何部位发生病变都可刺激三叉神经，使中枢神经系统发生生理功能紊乱和器质性改变，由此导致三叉神经痛疾病的发作