创伤性肝囊肿如果没有感染或胆汁潴留，可以自行吸收。否则需要做穿刺引流或手术引流。
炎症性肝囊肿需要手术治疗原发病如胆管结石、胆道狭窄等。
肿瘤性肝囊肿常常需要手术进行切除。
肝包虫性囊肿需要手术治疗。
先天性肝囊肿绝大部分都不需要处理，只需要定期观察。一部分生长较快、囊肿较大、伴发感染、出现症状者需要处理