子宫内膜异位症西医治疗方法有手术和药物两种：一是药物治疗，主要是口服激素，即假孕和假绝经疗法，就是人为的造成闭经和绝经，这会带来很多的副作用，引起肝肾功能的损伤。二是手术治疗，手术治疗包括保守治疗、半根治治疗和根治治疗，保守治疗是保留生育功能，只把子宫内膜异位的病灶结节切除掉，恢复它正常的解剖生理功能，使患者能够怀孕，半根治手术治疗就是切除子宫、一侧卵巢和全部的盆腔内的子宫内膜异位病灶。
另外也可以用中医的辨证施治方法，治疗原则是温经散寒、活血化瘀、软坚散结、消肿止痛，总的原则来讲，是通过用中药，使异位的包块要逐渐的液化.缩小、吸收，临床症状会随着异位包块的缩小而减轻，或者全部消失