结膜炎的治疗因病因不同而异。眼睑可用清水和干净毛巾轻轻洗净，去除分泌物。如为细菌性结膜炎、可滴用抗生素眼药水或药膏。医生有时会用棉签擦下一点分泌物送实验室检查，再根据检查结果调整用药。一般结膜炎不需用皮质类固醇眼药水。如考虑是疱疹病毒性结膜炎，则绝对不要滴用皮质类固醇眼药水，其可能使病情加重。
对于过敏性结膜炎和病毒性结膜炎，抗生素治疗无效。如是过敏性结膜炎，口服抗组胺药可以止痒和缓解刺激症状，如果无效，也可试用皮质类固醇眼药水。
由于感染性结膜炎传染性很强，患者在洗眼或滴药前后均应洗手。此外患者也不要触摸了患眼又去触摸另一眼，用于清洁患眼的毛巾和浴巾应与其他毛巾分开。
如病因是眼睑畸形或泪道阻塞，则多需要手术治疗