您提到的情况可能与多种因素有关。
首先，手足口病和脑炎的治疗过程中，可能会使用一些药物，包括皮质类固醇激素。这类药物有时会引起皮肤色素沉着的变化。
其次，孩子的身体在经历重病后的恢复期，可能出现暂时性的生理变化，包括毛发颜色改变。
建议您带孩子到儿科或皮肤科就诊，进行详细检查以排除其他可能性，如营养不良或其他代谢异常。
同时，在治疗过程中要密切观察孩子的其他症状，确保没有其他并发症发生。我会建议定期复诊，监测各项指标的变化，以便及时调整治疗方案。
总的来说，这种情况通常是暂时的，通过调整药物和补充必要的营养，孩子的状况会逐渐改善。