治疗肝内胆管结石主要采取以手术为主的综合治疗方法：
　　　1、手术治疗：目的是尽量取净结石，解除胆道梗阻和狭窄，消除肝内感染性的病灶，从而使胆汁的排出畅通。手术的方法主要有：①高位胆管切开取石；②胆肠内引流；③消除肝内感染性病灶等。
　　2、中医治疗：在手术和其它综合治疗的同时，患者可配合针灸和服用消炎利胆类中药，以控制炎症，促进结石的排出。
　　3、残石的处理：一旦患者在术后经Ｔ管造影被发现有胆道残留结石时，可在窦道形成后拔除Ｔ管，经窦道插入纤维胆道镜，在直视下用取石钳、网篮等取石。如结石过大可采用激光碎石、微爆破碎石或其它方法将残石碎裂成小块后再取出。