慢性腹泻主要针对病因进行治疗。若腹泻严重、体质虚弱的非感染性腹泻，常用止泻剂对症治疗，以减少腹泻次数。中医认为本病与脾虚的关系最为密切，脾虚失运，水谷不化精微，混浊内生，谷反为滞，水反为湿，混杂而下，并走大肠，而为泄泻。若平时脾胃素弱，复因情志失调，以致肝气郁结，横逆乘脾，运化失司，也可形成泄泻，若久病之后，损伤肾阳，或年老体衰，阳气不足，脾失温煦，运化失常，也可导致泄泻。但肝肾所致的泄泻，也多在脾虚的基础上产生的，故云“泄泻之本，无不由于脾胃。”