您好！根据您的描述，您在2006年1月确诊为细菌性前列腺炎，并出现了严重的脑部不适症状，包括头痛、发热和结膜充血等症状。尽管磁共振检查未发现明显异常，但您的症状确实令人担忧。

首先，请确保您正在接受规范的抗生素治疗以控制前列腺炎症。对于您提到的头部症状，建议进行全面的神经系统评估，包括但不限于脑电图、腰椎穿刺等检查，以排除其他潜在疾病如脑膜炎的可能性。

关于您的疑问：细菌性前列腺炎是否会通过血液或神经传播感染到大脑或神经系统？这种情况较为罕见，但并非完全不可能。因此，在治疗期间，请密切关注任何新的症状，并及时向主治医生反馈。

在治疗方面，除了西医抗生素治疗外，还可以考虑中医疗法来辅助调理。例如，可以服用具有清热解毒、利湿通淋作用的中药方剂，或尝试针灸疗法来缓解头痛和全身不适。

此外，请注意保持良好的生活习惯，避免过度劳累和精神压力过大，这对疾病的恢复至关重要。建议定期复诊，监测病情变化，并根据医生的指导调整治疗方案。

希望您早日康复！如果还有其他疑问，欢迎随时咨询。