根据你的描述，存在以下几个可能的原因：
1. 慢性前列腺炎：你提到的尿不净、腰腿酸痛以及早泄等症状都与慢性前列腺炎有关。
2. 尿道感染：尽管细菌培养未见异常，但反复的手淫可能导致局部刺激和微小的感染。
3. 局部损伤：5年前手淫导致的尿道口红肿可能遗留了长期炎症反应。
4. 神经敏感性增加：频繁手淫可能导致阴茎和盆腔神经的过度敏感，引发早泄。
建议采取以下措施：
1. 药物治疗：可以尝试使用α受体阻滞剂（如坦索罗辛）改善排尿症状，同时配合非甾体抗炎药缓解疼痛。
2. 行为调整：减少手淫频率，避免过度刺激；保持会阴部清洁干燥。
3. 中医调理：可考虑使用补肾益气的中药或针灸治疗。
4. 心理调节：建议心理咨询，处理可能存在的心理压力和焦虑情绪。
5. 定期随访：如症状无改善，建议至泌尿外科就诊，进行前列腺相关检查。