确诊或疑似病人均可采用抗病毒治疗。对于单纯疱疹病毒引起者可用无环鸟苷；其它病毒引起者可用病毒唑及中西医结合综合疗法。

病毒性脑炎的预后与所感染的病原密切相关。单纯疱疹病毒引起者预后较差。不少存活病人留有不同程度的后遗症。

除注意体格锻炼外，注射各种抗病毒疫苗是预防病毒性脑炎的根本途径。