胃肠道间质瘤（GISTs）的治疗以手术为主，尽管近年来化疗药物有所进展，但手术仍是获得临床治愈的最佳方式。
对于胃部肿瘤，若直径小于3厘米，可考虑局部切除或楔形切除；3-5厘米建议行胃大部切除术；大于5厘米则需按胃癌D2范围处理。小肠GISTs因淋巴转移率较高，建议常规进行淋巴清扫，切除范围至少10厘米。
化疗方面，伊马替尼是目前常用的靶向药物，适用于无法手术或高危患者，剂量通常为400-800mg/天，疗程约12-24个月。
总体而言，GISTs的预后与肿瘤位置、大小及核分裂像数目密切相关。胃部GISTs预后较好，而小肠GISTs较差，5年生存率约为35%-65%。