疱疹性咽峡炎的疱疹只在口腔内部，这是与手足口病的最大不同。而手足口病的儿童，大部分都是从喉咙开始出现疱疹，然后发展到四肢和四肢，很少会出现在四肢和背部，并伴有发热。
皮疹通常是米粒或绿豆大小，皮疹周围有红的灰色小疱疹或红色丘疹，不痛不痒，也不会结痂。另外，咽峡炎除了有细菌感染外，一般不会有脑炎等并发症。少数儿童患有手足口病，可造成心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜炎等并发症，尤其是重症儿童，病情进展迅速会造成死亡。

心绞痛通常是由疱疹病毒感染引起的。主要表现为口咽喉部发热和口腔疱疹。手足口病是一种肠道病毒感染，可引起发烧、口腔粘膜皮疹以及肛门、手掌和脚底的皮疹。因为这两种疗法都是由病毒感染引起的，所以几乎所有的疗法都使用抗病毒药物。

幼儿急疹通常表现为发热，退热后出疹，疱疹性咽峡炎则表现为疹子出得最烈时烧得最热。幼儿急疹通常表现为皮肤皮疹较为显着，具有热退后出疹等特征。
手足口病多见于5岁前儿童，口腔疱疹伴两手，足或臀边红色皮疹，白疱疹等，疱疹周围红晕明显，臀或膝周围可发红疹。
幼儿急疹和手足口病大部分是由于病毒感染导致的，一般需要采取抗病毒治疗。

一般情况下，疱疹性咽峡炎与手足口病区别主要有症状不同、发病部位不同等。
1.疱疹性咽峡炎：主要是由上呼吸道的急性炎症引起的，也可以是单个的，突然的高烧可以达到40度，伴有咽痛、食欲差、不吃东西等症状，在悬雍垂、软腭、咽腭弓区都会出现几个或几十个灰色的小疱疹。另外，也可能是在口腔的其它地方，疱疹破溃就会形成溃疡。
2.手足口病：症状为低热、咽痛、食欲差、口唇上有散在的疱疹和溃疡，手足、手臂、腿、臀部等部位会有皮疹，个别儿童会有严重的全身症状。

幼儿急疹是疱疹病毒感染引起的，早期表现单纯高热，体温反反复复持续3-5天后下降，皮疹出现，是比较典型的热退疹出。皮疹的特点丘疹或鸡皮样，集中在头面部和躯干部，持续2-3天自己消失。手足口病是肠道病毒感染引起的，有一定的传染性，早期表现可能是先发热，也可能是先出现疱疹，疱疹主要集中在手掌，脚掌，口腔和臀部皮肤，不疼不痒，不结痂，不留疤。

疱疹性咽峡炎和手足口病主要区别在于临床表现不一样。疱疹性咽峡炎主要是肠道病毒感染，临床常表现为高热，口腔咽峡部出现很多疱疹，常伴随有剧烈的咽部疼痛，吞咽困难，进食比较困难，流口水也增多。而手足口病主要发生于夏季，也是由肠道病毒感染所导致，常表现为手、足、臀部等部位的皮疹。

疱疹性咽峡炎与手足口病是有一定的区别，主要的原因区别就是，致病的病毒并不是同一种，疱疹性咽峡炎只是累及口腔黏膜，但是手足口病可以累及到手部以及足部，但是都是由于病毒感染导致的，治疗原则基本差不多。虽然疱疹性咽峡炎和手足口病有很大的区别，而且两者的症状严重程度也不是特别相同，但是都是要采取应用抗病毒的药物进行治疗。

手足口病和疱疹性咽峡炎的区别是感染的病毒不同，手足口病是由柯萨奇病毒A组16型和肠道病毒71型感染导致，疱疹性咽峡炎是由单纯疱疹病毒感染所导致；手足口病的主要临床表现是手、足、口腔等皮肤黏膜皮疹及疱疹，疱疹性咽峡炎主要临床表现是口腔黏膜数目较多的、薄壁透明的疱疹。

疱疹性咽颊炎，手足口病，这属于是病毒感染导致的，出现的时候，需要及时的采取抗病毒的治疗方式，可以吃利巴韦林，在这期间还应该注意监测体温，因为病毒性感染会容易导致发烧的现象，如果体温超过38.5度的时候应该及时的用退烧的药物治疗，如果体温没有超过38.5度之前可以采取物理降温，用温水擦或者洗温水澡。

幼儿急疹是由人类疱疹病毒6型和或者7型感染引起的一种急性出疹性疾病主要通过呼吸道飞沫传播，多见于6～18个月婴幼儿，特点是突发高热，全身症状轻，热退疹出，预后良好。手足口病是由肠道病毒引起的急性传染病，主要以柯萨奇病毒A16和肠道病毒71型最为常见。