灰指甲的治疗周期相对较长，患者需要有足够的耐心足疗程用药治疗，可咨询医生结合具体病情制定合理的用药方案，以取得满意的治疗效果。
治疗灰指甲的药物有外用和口服两大类。亮甲复方聚维酮碘搽剂是比较常用的一种外用抗真菌药物，其主要成分聚维酮碘，是一种广谱杀菌剂，能释放有效碘破坏真菌细胞壁，抑制其生长和繁殖。另一种成分阿司匹林，能消炎止痒，还能软化角质，增强药物的渗透作用，可促使药效成分渗透结构复杂的甲板，协助聚维酮碘杀灭深层真菌，提高治疗效果。患者在用药前需用温水浸泡患甲，使患甲软化，并挫薄病甲，以促进药物吸收，坚持使用至新的指（趾）甲长出，替代患甲后，方可停止用药。
需要注意的是，因为指（趾）甲的生长十分缓慢，指（趾）甲本身又很坚硬，因此治疗甲病需要有足够的耐心，按疗程使用药物。对于病情较为严重的患者，还需结合口服抗真菌药物进行综合治疗，如盐酸特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等，以提高治疗效果。