治疗灰指甲，关键在于选用具有抗真菌作用的药物。患者可根据自身病情外用或口服抗真菌药来进行治疗。
对于轻中度的灰指甲患者，可遵医嘱外用亮甲复方聚维酮碘搽剂，该药核心成分为聚维酮碘和阿司匹林，前者能释放有效碘杀灭真菌，抑制其再生；后者可分解产生水杨酸，能消炎止痒，还能软化角质，促进药物有效渗透。二者协同作用，能够杀灭引起灰指甲的真菌，改善灰指甲症状。外用药物安全性较好，副作用少，可以遵医嘱长期用药。
而对于症状较为严重的灰指甲患者，临床上多采用外用药物联合口服药物进行综合治疗，口服抗真菌药如伊曲康唑、盐酸特比萘芬等。但需注意的是，长期口服抗真菌药物可能对肝肾功能造成一定影响，因此需定期监测肝肾功能，并遵医嘱使用。