血源性肺脓肿的常见的病原菌是金葡菌，而大肠手术后出现的肺脓疡主要是大肠埃希菌和变形杆菌，大部分时候身体都能抵御这种细菌的感染，通常是不会发生的，但是如果身体免疫力降低或者是进行了有创的手术，都会导致感染，需要及时就医治疗。
1、金黄色葡萄球菌：可以在身体的各个地方，比如皮肤、咽、鼻黏膜等，在机体免疫力下降或者进行外伤手术时，比如插管等，可以通过损伤的皮肤黏膜、呼吸系统等进入体内，引发细菌血症，再通过血液传播到肺部，造成小血管的栓塞症，肺部组织发炎、坏死，最终发展为脓疡。肺部CT以肺部实变、肺部弥漫性脓肿为主，随疾病进展可呈一侧或两侧胸腔积液。较好时，局部空腔消失，残留少量纤维化。
2、大肠杆菌和阿米巴原虫：在消化道中属于正常的细菌群落，通常不会引起疾病。术后，由于术后的肠道微生态失调，加上外科治疗，患者的抵抗力下降，通过血液进入肺部，阻塞了细小的支气管，导致了小血管炎症和细菌的大量滋生，导致肺组织脓性炎症和坏死，从而产生血源性的肺脓肿，坏死组织溶解破裂，通过支气管流出，从而产生具有气体和液体的空间。
另外，由厌氧细菌或微厌氧链球菌及革兰氏阴性杆菌所引起的肺部脓肿通常是由腹腔或骨盆引起，而其他一些较为少见的原因则是霍乱弧菌、炭疽杆菌等。