霉菌性鼻窦炎手术通常是通过内窥镜技术进行的，相比传统的开放手术，内窥镜手术的痛苦程度较低。手术过程中会使用局部麻醉，使患者在手术时感觉较少或不感到疼痛。术后可能会有轻度不适和鼻塞感，但这些不适感一般会在数天到几周内逐渐缓解。一些患者可能会出现鼻内疤痕、淤血、头痛等后遗症，但这些症状多数会在康复过程中逐渐减轻。总体上讲，与传统开放手术相比，内窥镜手术对患者而言痛苦程度较小。然而，术后具体痛苦程度的体验因个体差异而异，具体情况应咨询医生。