肛瘘手术后三个月轻微出血可能是正常的手术恢复过程中的一部分。肛瘘手术会涉及到对肛门附近的组织进行修复和切除，因此手术后一段时间内可能会有轻微的出血。
然而，如果出血量过多或持续时间过长，或者伴随着其他症状（如疼痛、肿胀、发热等），可能需要向医生咨询。医生可以通过检查和可能的进一步测试来确定出血的原因，并提供适当的治疗建议。
总之，如果只是轻微的出血且没有其他不适症状，可以继续密切关注并保持良好的个人卫生习惯，避免使伤口感染或发生其他并发症。如果症状不改善或加重，请及时咨询医生。