肛瘘的并发症主要有以下几种：
1. 感染：肛瘘可以导致感染，尤其是当瘘道内有脓液积聚时。感染会引起疼痛、发热、局部红肿和脓液排出。
2. 肛门狭窄：如果肛瘘长期存在或治疗不及时，瘘道的炎症和瘢痕组织的形成可能导致肛门狭窄，使排便困难。
3. 直肠或肛门损伤：肛瘘的瘘道可以通过直肠壁或肛门周围的组织延伸，进而导致直肠或肛门损伤。
4. 尿道或生殖器损伤：极少数情况下，肛瘘的瘘道可能延伸至尿道或男性生殖器，导致尿道狭窄或性功能障碍。
值得一提的是，肛瘘术后可能出现术后并发症，如术后出血、感染、伤口不愈合、尿尿困难等。因此，术后应密切关注并尽早就医。