肺炎支原体阴性可能是由以下原因造成的：
1. 检测方法不敏感：肺炎支原体的检测方法有限，可能有些检测方法不够敏感，不能检测出少量的肺炎支原体。
2. 检测时间不合适：病毒感染初期、恢复期或移植物抗排异应答期检测，肺炎支原体可能被错误地检测为阴性。
3. 其他细菌感染：在临床上，肺炎支原体感染常常与其他细菌感染共存。如果同时存在其他细菌感染，可能会掩盖肺炎支原体的检测结果。
4. 抗生素治疗：抗生素治疗可能会干扰肺炎支原体的检测结果，特别是在治疗早期。
5. 假阴性：肺炎支原体检测可能存在假阴性的情况，即实际感染了肺炎支原体，但检测结果显示为阴性。