检查菌肺炎球菌时要注意以下几点：
1. 样本收集：无论是血液、呼吸道分泌物还是其他组织，应该在无菌条件下进行采集，避免外界污染。
2. 菌种分离：要使用适当的培养基进行培养，并对分离的菌株进行鉴定，确保所检测的细菌为菌肺炎球菌。
3. 抗生素敏感性检测：对于分离出的菌株，需要进行抗生素敏感性检测，确定该菌株的敏感性、耐药性等，以便制定有效的治疗方案。
4. 重复检测：菌肺炎球菌的定量检测应该进行多次，以便确定检测结果的准确性和可靠性。
5. 检测方法：目前常用的检测方法包括培养法、PCR法和免疫学检测法等，需要根据实际情况选择合适的方法。