肛瘘的病因主要有以下几种：
1. 肛门周围感染：常见原因是痔疮或肛门周围的皮肤腺体感染，引起炎症。
2. 肛管炎症：肛管内炎症引起的溃疡或病变，可以导致肛瘘的形成。
3. 肛周脓肿：各种肛周脓肿，如肛炎、腺瘤等，如果治疗不当或感染扩散，可能会形成肛瘘。
4. 外伤或手术：肛门周围的外伤或手术，如肛门裂伤、肛管破裂术等，可能会导致肛瘘。
此外，还有其他原因可能导致肛瘘的形成，如肛门恶性肿瘤、结肠炎等。具体还需要根据患者的具体情况进行综合分析和诊断。