对于肛瘘的治疗，最常用的药物是抗生素和止痛药。具体选择哪种药物需要根据患者的具体情况来决定，一般需要医生的指导和处方。
抗生素可以预防和治疗肛瘘感染，并加速愈合过程。常用的抗生素包括阿莫西林、克拉霉素和甲硝唑等。
止痛药可以缓解肛瘘引起的疼痛和不适感。常用的止痛药包括布洛芬、吗啡和对乙酰氨基酚等。
此外，还可以根据患者的具体病情使用局部药物治疗，例如抗炎药、抗真菌药和抗生素软膏等。但使用药物治疗应遵循医生的建议和处方，不可滥用或自行使用药物。