衣原体和支原体都是细菌，均可以引起人或动物的感染。衣原体属于原核生物体，支原体属于细胞内寄生的原核生物体，两者的感染方式和症状略有不同。
衣原体主要通过性传播和直接接触传播，引起下泌尿道炎、宫颈炎等疾病，可导致输卵管炎和不孕不育。同时，衣原体还可引起肺炎、结膜炎等疾病。
支原体主要通过空气飞沫传播，引起支气管和肺部感染，即所谓的肺炎支原体感染。该疾病常见于冬春季节，主要症状包括发热、咳嗽、气促等。
两者感染的预防方法相似，主要是保持良好的个人卫生习惯，减少不必要的性行为，注意避免交叉感染，合理使用药物治疗。