支原体感染的确切疗程因感染部位的不同而各有差异。一般来说，支原体感染可分为呼吸道感染和生殖道感染两种类型。
呼吸道感染的治疗疗程一般为7-14天，如果病情较重或病程较长，则需要更长的治疗时间。通常使用的药物包括：阿奇霉素、罗红霉素、克拉霉素等广谱抗生素，或者是强效的宽谱青霉素、头孢菌素类药物。
生殖道感染的治疗疗程也为7-14天，主要药物包括：阿奇霉素、多西环素、乙酰氨基酚和头孢菌素类药物等。
治疗后需要进行复查。呼吸道感染一般需要在治疗结束后1-2周复查病情，检测呼吸道分泌物或血液中的病原体是否清除。生殖道感染则需要在治疗后1-2个月进行复查，排查是否依然存在感染等情况。如果治疗有效，则症状会明显改善。如果症状未见改善，需要重新检测和调整治疗方案。