如果在治疗期间发现自己怀孕了，应立即告知医生，并根据医生的建议进行处理。一般来说，如果已经开始抗结核治疗，医生会给出停药的建议，以避免对胎儿产生不良影响。但是，停药可能会导致肺结核复发和其他并发症的发生，因此决定是否停药需要在医生的指导下进行。同时，医生还需要对孕妇的病情和胎儿进行及时监测，并根据情况进行相应的处理。最好在孕期前就接受肺结核治疗，以减少这种情况的发生。