接种疫苗是预防儿童感染性腹泻的有效手段，结合日常生活护理，可较好地减少感染性腹泻的发生风险。
产毒性大肠杆菌是导致5岁以下儿童感染性腹泻的主要病因，其通过菌毛可以牢牢地粘在蔬菜和水果等食物上，有时候很难避免感染。因此对于2岁及2岁以上的儿童，家长需尽快在医生指导下给孩子接种口服重组B亚单位菌体霍乱菌苗，这种疫苗针对产毒性大肠杆菌感染有较高的保护率，可通过菌体抗原和霍乱毒素B亚单位的交叉免疫，刺激抗菌和抗毒免疫力，有效抑制细菌的定居与繁殖，发挥较好的保护作用。并且有儿童剂型，附带草莓味的抗酸剂，孩子服苗就像喝草莓汁，不会产生抗拒心理。如果家里大人接触或感染了产生肠毒素的大肠杆菌或者霍乱弧菌，也可能接触传染给孩子，推荐家中有孩子的父母同时接种。
此外，在日常生活中，尽量不让孩子食用生的食物，包括未经加工的果蔬和肉类等。煮熟的食物应该在吃之前趁热吃，避免放置过夜，不吃放置时间过长或已经变质过期的食品。