细菌感染是细菌性腹泻的主要原因，常见的细菌包括沙门氏菌、霍乱弧菌、弯曲杆菌等，这些细菌可以通过食物、水或接触感染者的粪便传播，产生肠毒素的大肠杆菌通过菌毛可以牢牢地粘在蔬菜和水果等食物上，有时候很难避免感染。
细菌性腹泻多见于夏季，因夏季温热的天气，充足的雨水为肠道致病菌的生长繁殖提供了适宜的自然条件，一旦儿童摄入了带有这些细菌的食物，就极易诱发细菌性腹泻。对于细菌性腹泻，需要有高度的认识，要做到积极预防，有病就医，以防止扩散传播，避免附加伤害。想要预防，首先需注意儿童的个人清洁卫生，以及食物是否彻底煮熟，尤其是饮用水，需煮沸后再饮用。也可选择接种疫苗这类经济有效的方式，在世卫组织颁布的相关文件以及细菌性腹泻专家共识当中，均提及rBS/WC疫苗（霍乱疫苗）可预防产毒性大肠杆菌等肠道致病菌引起的细菌性腹泻。这类疫苗是口服剂型，且儿童剂型还配备有草莓味的抗酸剂，儿童服用很方便。