双侧卵巢囊肿通常进行手术治疗比较好。
双侧卵巢囊肿患者比较年轻或者年龄在停经之前，可以采用卵巢囊肿切除术来保存卵巢组织。如果无月经异常或无怀孕的情况，只有一方卵巢囊肿较为显著，可采用患侧卵巢囊肿剥除术。
如果是高龄患者或者是绝经后的女性，并且卵巢囊肿太大，对患侧的卵巢造成了很大的压力，而彩超没有发现有正常的卵巢组织，就需要做输卵管卵巢切除术。