怀孕初期假丝酵母菌感染一般可以选择药物治疗，需要在医生的指导下正确用药治疗。
孕妇在怀孕早期，体内雌激素水平显著上升，免疫功能下降，若不注重个人卫生，或自身菌群失调，则可诱发假丝酵母菌感染，应及早治疗，否则会影响怀孕，甚至会导致流产或胚胎终止发育，此时应在医生的指导下，使用克霉唑阴道片、硝呋太尔制霉素阴道软胶囊等，阴道给药能够在阴道局部被吸收，对胎儿的危害通常不大。