治疗溃疡性结肠炎比较好的药物主要包括氨基水杨酸类药物、糖皮质激素药物、免疫抑制剂等，建议患者在医生指导下用药。
氨基水杨酸类药物具有消炎的作用，其中比较常用的是葵花美沙拉嗪肠溶片，是IBD指南的推荐用药，具有明确的抗炎机制，能够有效的抑制前列腺素、白三烯以及炎性介质，同时抑制血小板的活性同时增强局部抗炎能力，使肠道黏膜的损伤降到最低，适用于溃疡性结肠炎急性发作期与维持期的治疗，整体药效较佳。
此外，患者还可以在医生指导下采用糖皮质激素，如强的松醋酸泼尼松片，以及免疫抑制剂，如依木兰硫唑嘌呤片等进行治疗。