在目前的医学水平上，只要对其进行及时、有效的处理，其病死率相对较低。但是，如果没有得到及时的治疗，或者是没有得到有效的治疗，那么就会出现智力障碍、癫痫、瘫痪、痴呆、脑积水等严重的后遗症，严重的还会导致死亡。
颅内感染的治疗方法主要有对因治疗、对症治疗和外科治疗三种。
1.对因治疗：针对病原菌，采用有效的抗病毒、抗菌、抗真菌药等。
2.对症治疗：主要是降低体温、抗癫痫、镇静、脱水、降低颅压。维持气道畅通和水和电解质的平衡；治疗期间给予针灸和物理治疗。
3.手术治疗：在头部CT、MR检查提示有脑积水，病人有意识障碍、脱水、降颅压无效的情况下，应进行脑外侧引流或脑室-腹腔引流。