大部分的开颅术都是很安全的，不会留下太大的后遗症，但是也有一些病人，因为开颅术的位置比较关键，所以会留下一些后遗症，比如神经功能障碍、感觉障碍、视野障碍等。
1、神经功能失调：较为普遍的是神经功能失调，比如在额叶、颞叶，或者脑实质中的病灶被清除后，病人有可能发生惊厥。有的病人还会有精神状态、性格变化、记忆力下降等症状。另外，有些病人还会出现忧郁，躁狂等症状；
2、感觉障碍：当病变在顶叶时，术后有可能出现对侧肢的瘫痪、偏身感觉障碍等后遗症；
3、视野障碍：对于在枕叶的患者，在开颅术后会留下视野缺损的后遗症，或者是因为视神经对视交叉有影响，导致视觉功能障碍，从而导致视觉功能障碍。
除了以上所列之并发症，鞍区之病变，术后亦可发生尿崩之并发症。如果是在后颅窝的肿瘤，在做了开颅术后，病人很有可能会出现面部麻木、听力下降、耳鸣等症状，也有一些病人会有声音嘶哑、吞咽困难等后组颅神经麻痹的后遗症。另外，一旦损伤了小脑，还会留下一些后遗症，比如：平衡失调，眩晕等。若是言语系统受损，甚至会导致失语症。