临床治疗灰指甲，通常以抗真菌药为主，包括外用抗真菌药和口服抗真菌药两大类。
灰指甲发病与皮肤癣菌、念珠菌等真菌感染有关，大多数患者在发病早期可通过外用抗真菌药来进行治疗，如亮甲复方聚维酮碘搽剂，药物中所含聚维酮碘能释放出有效碘，使菌体蛋白质变性后死亡，发挥杀菌抑菌的功效，对细菌、真菌及病毒均有效较好的杀灭和抑制作用，从而减轻指（趾）甲变色、变形、糟碎、翘起等症状。另外，对于症状较为严重，且已经出现了甲板脱落、萎缩、多个指（趾）甲感染等情况时，则建议在外用抗真菌药的同时联合口服抗真菌药进行治疗，如特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等，建议患者在医生的指导下规范用药，有利于病情改善。