治疗灰指甲通常需选用抗真菌药物来进行。因指（趾）甲生长较慢，角质层比较厚，治疗时间会比较长，因此治疗时一定要保持耐心，足疗程规范用药。
若患者指（趾）甲出现不规则变形的表现，一般需在用药前将变形的指（趾）甲修挫掉，再外用抗真菌药物，如亮甲复方聚维酮碘搽剂。亮甲是治疗灰指甲的专用药，所含聚维酮碘、阿司匹林等成分可起到杀灭甲下真菌、抑制真菌再生、消炎止痒、加快药物渗透的作用，患者可按疗程并足量用药，能较显著地改善指甲变形、变色、翘起、糟碎、脱落等症状。不过需注意，如患者有多个指（趾）甲都已出现病变，则可在外用药物的同时，遵医嘱与口服抗真菌药物搭配治疗，如特比萘芬、伊曲康唑等。
由于灰指甲治疗周期较长，故用药方面需注意规范，不建议患者采用民间偏方或土方治疗，可能会加重病情或延长治疗时间，对患者的健康造成损害。