环磷酰胺的疗程有2周、3周、4周的疗程，与病人的具体情况、使用的化疗方案等因素有关。
环磷酰胺属于化疗药物，在临床上可单独应用，也可与其化疗药物联合应用，可对恶性淋巴瘤、乳腺癌、鼻咽癌、卵巢癌等进行治疗，一个疗程的时间与患者的病情、化疗方案等有关。
对于有较高复发和转移风险的乳腺癌，可以使用含有环磷酰胺的联合化疗，2周一个疗程，对于有较高复发和转移风险的乳腺癌，可以使用含有环磷酰胺的联合化疗，3周一个疗程。对于恶性程度较低的肿瘤，也可以进行4周的化疗，一般4周为一个疗程。