对于真菌性龟头炎，推荐使用外用抗真菌药物治疗，如克霉唑软膏。克霉唑软膏能有效抑制龟头表面真菌的生长和繁殖。同时，也可以使用碳酸氢钠溶液等碱性溶液对龟头进行外用洗涤，这同样具有很好的治疗效果。
如果患者反复发作真菌性包皮炎或龟头炎，则建议在感染得到控制后尽早进行包皮环切手术。包皮环切术可以使龟头完全暴露在外，从而减少细菌和真菌定居生长的可能，有助于减少炎症复发。总之，真菌性龟头炎的首选治疗药物是外用抗真菌药物，尤其推荐克霉唑软膏。手术治疗也是减少复发的重要手段。