治疗霉菌龟头炎的药物选择，需要考虑真菌感染的类型和病原体，例如念珠菌或厌氧菌等。克霉唑乳膏是常用的药物之一，适用于念珠菌感染引起的包皮龟头炎。而对于厌氧菌引起的包皮龟头炎，口服甲硝唑治疗效果较好。
此外，倍他米松乳膏也常用于细菌感染引起的包皮龟头炎的治疗。在使用抗生素期间，不要喝酒，否则可能会引起不良反应。治疗霉菌龟头炎需要遵医嘱、按疗程用药，不能随便停药，否则容易造成病菌的耐药性。
包皮和龟头处温暖、潮湿，是病原体理想的生长和繁殖场所，当人体免疫力下降时，可能导致包皮和龟头处的微生物菌群失调，因此需要注意性生活的防护措施。