治疗霉菌引起的龟头炎，可以使用克霉唑乳膏等药物治疗。清除病原体是治疗包皮龟头炎的关键。对于念珠菌引起的包皮龟头炎，一般选用克霉唑乳膏涂抹患处进行治疗。对于葡萄球菌、链球菌等细菌引起的包皮龟头炎，一般选用倍他米松乳膏涂抹患处进行治疗。
在使用抗生素期间，不要喝酒，否则可能会引起不良反应。抗生素治疗必须遵医嘱、按疗程用药，不能随便停药，否则容易造成病菌的耐药性。