治疗霉菌性龟头炎的药物包括克霉唑乳膏等抗真菌药物。对于不同病原体引起的包皮龟头炎，药物选择可能会有所不同。如果是念珠菌引起的包皮龟头炎，可以使用克霉唑乳膏涂抹患处进行治疗。如果是厌氧菌引起的包皮龟头炎，一般采用口服甲硝唑的方式进行治疗。
如果是葡萄球菌、链球菌等细菌引起的包皮龟头炎，一般选用倍他米松乳膏涂抹患处进行治疗。在使用抗生素期间，不要喝酒，以免引起不良反应。抗生素治疗必须遵医嘱、按疗程用药，不能随便停药，否则容易造成病菌的耐药性。