治疗龟头炎的常用药膏是红霉素软膏或百多邦软膏，这两种药物都是抗生素软膏，对引起龟头炎的大部分细菌有很好的杀菌作用。如果使用上述两种软膏1周以后症状没有改善，建议做龟头分泌物涂片和细菌培养检查，以确定是否存在真菌感染或滴虫感染的可能。
如果是真菌感染引起的，推荐使用克霉唑乳膏，如果是滴虫感染导致的，推荐使用甲硝唑。