治疗滴虫性龟头炎可以使用口服药、外用药等药物。口服药患者可以在医生指导下使用甲硝唑、替硝唑、制霉菌素等药物杀灭阴道毛滴虫，并治疗滴虫性龟头炎。
外用药患者可以在局部使用0.5%-1%乳酸溶液、0.5%醋酸溶液、1:5000高锰酸钾溶液等冲洗龟头处，并局部涂抹酮康唑乳膏、克霉唑乳膏、硝酸咪康唑乳膏等促进恢复。患者应注意个人清洁卫生、少吃辛辣刺激的食物、避免不洁性交、戒烟戒酒，并暂停性生活，严格遵医嘱用药。