真菌性包皮龟头炎的治疗通常需要患者收集龟头的分泌物，明确具体真菌的种类以及药物敏感性，然后再选择适当的药物治疗。
患者可以口服氟康唑胶囊，伏立康唑胶囊持续的口服治疗一到两周，同时龟头包皮用碘伏或者清水清洗干净以后涂抹抗真菌的药膏，比如克霉唑软膏，酮康唑软膏。在治疗期间应该要避免辛辣刺激的饮食，不喝酒，不要性生活。如果病情较为严重，建议患者及时就医，并在医生的指导下进行治疗。