真菌龟头炎是由假丝酵母菌感染引起的炎症，治疗建议选择抗真菌类局部涂抹、口服药物等治疗，如咪康唑软膏、克霉唑软膏、氟康唑、伊曲康唑等。在使用局部药物药物治疗时，需要使用高锰酸钾溶液清洗龟头后，再在患处涂抹药膏。
如果使用局部涂抹药膏治疗，作用效果不明显者或出现尿道刺激症状，可以考虑口服抗真菌药物治疗，如氟康唑、酮康唑、伊曲康唑等。如果是因为包皮过长导致的真菌感染反复性发作，建议感染治愈后行包皮环切术，并避免同房，防止交叉感染。