治疗念珠菌包皮龟头炎的方法包括外用药物治疗和口服药物治疗。外用药物治疗可以使用1:5000的高锰酸钾清洗患处，然后再在患处涂抹抗真菌药物。如果外用药物治疗效果不如意，也可以选择口服伊曲康唑等药物。
此外，要注意日常卫生，每天用清水清洗包皮，同时避免使用刺激性强的肥皂水清洗。如果夫妻一方感染了念珠菌，要暂停性生活，或是戴套进生性生活，以防交叉感染。如果有包皮过长现象，在龟头炎治好后要及时行包皮环切术，以防复发。如果长时间治疗症状不见消退，建议检查是否有合并滴虫感染。