附睾炎的治疗需要根据病情的轻重程度和个体差异来进行。一般来说，急性附睾炎的治疗建议采用静脉注射抗生素，并在短期内控制其炎症，以减轻疼痛和抑制附睾、睾丸的肿大。
在病情得到控制后，可以改为口服抗生素，常用的是头孢类的抗生素，对于附睾炎的效果会比较好。
附睾炎的治疗至少需要一个月的时间来消除炎症，而炎症消除后，附睾的结节可能需要更长的时间来消除。如果附睾炎反复发作，有些人可能会表现为慢性附睾炎，即附睾疼痛。此时，药物治疗是一个有效的治疗方法，可以使用抗生素或者考虑附睾切除手术。
对于已经生育的男性，如果药物治疗有效，也可以考虑附睾切除手术，将好发附睾炎的部位切除，减少附睾炎的复发。