武汉霉菌性龟头炎的治疗主要包括两个方面：1、每日清水清洗包皮、龟头，彻底清除包皮腔内的包皮垢，每日2次。水温宜凉不宜热，保持局部的清洁卫生。2、抗真菌药物的局部应用，比如达克宁软膏、派瑞松软膏、克霉唑软膏等，每日2次，涂抹于局部。
最后，重要的是合并糖尿病者，血糖的控制是最基础的治疗。如果血糖控制不理想，霉菌性龟头炎的治疗效果很差。